После прорастания семени у грецкого ореха быстрее всего развивается корневая система. В первый год жизни растет преимущественно вертикальный, стержневой корень. В зависимости от почвенных условий длина его в это время достигает 50-70см а надземная часть 40-50см. На второй год жизни усиливается и рост надземной части,которая к осени достигает высоты более чем 1 метр а толщина выше корневой шейки составляет более 3см.
Установлено что развитие корневой системы лучше происходит на богатых, и обеспеченных влагой почвах. На характер роста и развития корневой системы грецкого ореха, кроме почвенных условий большое влияние оказывают подвой и особенности выращивания посадочного материала.
Деревья привитые на хорошем подвое формируют более мощную корневую систему,чем у деревьев привитых на сеянцах каких то сортов. Пересадка деревьев в молодом возрасте способствует быстрому развитию корневой системы чем у деревьев без пересадки.
Полученные результаты многолетних наблюдений дают основание полагать, что на глубоких черноземных почвах абсолютное большинство корней у деревьев привитых на качественных сеянцах размещается в горизонте от 30-60см глубины. В верхнем пахотном горизонте корней очень мало, что видимо связанно с их разрушением во время обработки почвы. Мало корней так же и в горизонте более чем 60 см глубиной.
Активный рост стержневого корня продолжается только на протяжении 3-5 лет, который достигает к этому периоду своего роста 3-4м глубины. С возрастом боковые корни сильно утолщаются, а радиус их распространения достигает около 15-20м, этим и объясняется что деревья грецкого ореха хорошо закрепляют оползневые участки а так же защищают почву от эрозии.